Marcando um Bean como excluído

Utilize o método mark_deleted para isto. Isso definirá o campo deleted como 1, marque também os relacionamentos desse Bean como excluídos e remova a referência a esse item das listas Exibidas recentemente.

$bean->mark_deleted($id);

// Saving is required afterwards
$bean->save();

Este método também chamará os logic hooks apropriados before_delete e after_delete.